Comme principales missions, le MEPS en a trois dans son agenda qui sont le suivi de la politique du Gouvernement en matière d'Emploi, de Travail et de Protection Sociale en Côte d'ivoire. 

* En matière d'emploi et de travail

•  Observation du marché du travail
•  Application, contrôle et évaluation de la politique nationale en matière d'emploi
•  Elaboration de projets de loi et de règlements en matière d'emploi
•  Identification des mesures la création d'emplois en particulier pour les populations défavorisés, notamment les femmes, les handicapés et les personnes de plus de 40 ans, en liaison avec le ministre chargé de l'emploi des jeunes
•  Elaboration de stratégies et programmes en faveur de l'emploi des populations défavorisées
•  Développement du plaidoyer pour l'emploi des populations défavorisées
•  Tenue de statistiques sur l'emploi
•  Assistance aux chômeurs et handicapés du travail
•  Contrôle de l'application des normes , lois et règlements en matière de travail des enfants, en liaison avec les ministres concernés
•  Coordination, identification et mise en œuvre des mesures dans le domaine de la lutte contre le travail des enfants
•  Renforcement de la protection des travailleurs, notamment de ceux atteints de l'infection à VIH/SIDA, en liaison avec le ministre chargé de la santé
•  Elaboration, suivi et contrôle de la règlementation de la sécurité et de la santé au travail, en liaison avec le ministre chargé de la santé
•  Renforcement de la sécurité et de la santé au travail, en liaison avec le ministre chargé de la santé
•  Promotion du dialogue social
•  Formulation d'actions de mise en adéquation de la formation et de l'emploi

* En matière de protection sociale

•  Promotion, mise en œuvre et suivi de la politique de sécurité sociale
•  Renforcement et harmonisation du cadre institutionnel et de la prévoyance sociale
•  Participation à la promotion des actions d'assistance et de soutien aux orphelins, en particulier à ceux du SIDA
•  Participation à la prise en charge sociale des populations vulnérables
•  Coordination et supervision de la politique des affaires sociales
•  Formation professionnelle des travailleurs sociaux
•  Mise en œuvre d'une politique cohérente d'encadrement et de formation des handicapés ainsi que de leur insertion dans le tissu social
•  Notamment dans le monde du travail
•  Mise en œuvre et renforcement du plaidoyer en faveur de la prévention des handicaps résultant des accidents de travail et de la voie publique, auprès des populations et des institutions
•  Gestion du régime de la Couverture Maladie Universelle, en liaison avec le ministre chargé de la santé
•  Sensibilisation de la population
•  Accélération du processus de mise en œuvre de l'enrôlement
•  Recouvrement des cotisations
•  Gestion des fonds collectés
•  Définition des services de prestations afférentes aux différents régimes
•  Gestion des personnes économiquement faibles ou démunies
•  Maintien de l'équilibre du régime